Správně fungující ČOV nezapáchá. Pokud zapáchá, došlo v některé části k vytvoření anaerobních podmínek, což by za normálních okolností nemělo nastat, jelikož všechny komory ČOV by měly být dostatečně provzdušněny. Potom je třeba zjistit poruchu, či příčinu nedostatku kyslíku v té které konkrétní zapáchající komoře.